trscp.exeのパラメーターにもう少し自由度があれば良いんですけどね。
つまり、このプログラムはインプットのtr2ファイル自体がアウトプット
になってしまっている、という点が難点なんです。

新しいtr2ファイルを吐き出すような仕組みになっていてくれればこの
問題は解決出来るんですけど、元々がTREditorから独立させただけの
プログラムですから仕方ないですね。

>手順としてはマップ作成->アイテム・トラップ配置->テキスチャ貼り
>というところでしょうか。

Return2、Remapの出力先のファイルには、あらかじめ必要なアイテムを
インポートしておくと良いと思います。というのも、アイテム追加を
後工程にするとマップが破壊される恐れがあるからです。
つまり、アイテムの新規インポートよりも再インポートの方が安全だと
思われるのです(この点については確証はありませんが)。

とは言え、仮にそうしたとしてもtr2出力後の工程には幾多の難関が待ち
受けていますが。

・メッシュを追加したい -> TRViewerを使う
　-> マップが壊れる可能性あり

・テクスチャを追加したい -> TRtexturを使う
　-> 100%メッシュが壊れる

・テクスチャを貼り替えたい、マップに照明を付けたい -> RVIEWを使う
　-> 100%メッシュが壊れる

・マップを補修したい、トリガーを付け直したい -> TRItem38を使う
　-> マップやトリガーが余計に壊れる可能性あり(笑)

作業はかなり慎重に行なう必要がありそうですね。